旧農林省蚕糸試験場新庄支場は、昭和9年に「蚕業試験場福島支場新庄出張所」として発足し、施設の建設が進められて同11年より事業を開始、さらに施設が充実して、同12年に「蚕糸試験場新庄支場」と改称されました。

昭和33年には「蚕糸試験場新庄原蚕種製造所」となり、同43年に「蚕糸試験場新庄原蚕種試験所」と改称、蚕種の研究や桑の栽培等、戦中から戦後にかけて一貫して蚕糸業の発展に寄与し、市民からは「原蚕種」の名称で親しまれてきた国の施設です。

しかし、この施設は、行政改革により昭和58年5月、「蚕糸試験場蚕育部原蚕種第一研究室及び農業生物資源研究所遺伝資源部保存法第二研究室」に改組されました。その後さらに数度の組織改革がなされ、「東北農業試験場畑地利用部畑作物栽培生理研究室」を最後の名称として、平成12年3月、閉所となりました。

その後、平成14年2月に市に譲渡され、平成14年8月から「新庄市エコロジーガーデン」として蚕糸研究の歴史を紹介するとともに、自然環境を学び、交流の場を提供する施設として活用しています。

市は、地域住民とのかかわりの中から、新庄市エコロジーガーデンの文化的価値を見出し、国の登録有形文化財（建造物）とするために、平成22年度から事業を実施してきました。平成24年2月22日、文化庁に登録に関する文書を提出し、同年7月20日、文化審議会文化財分科会に諮問され、同年8月2日の第2専門調査会を経て、同年9月21日、文化審議会文化財分科会が登録原簿に登録するよう、文部科学大臣に答申が行われ、翌平成25年3月29日に登録有形文化財として認められました。